За первое полугодие 2016 года структурными подразделениями центрального аппарата ФАНО России и его территориальных управлений было проведено 184 проверки. Из них 14 проверок касались соблюдения законодательства в сфере финансово-бюджетной и финансово-хозяйственной деятельности подведомственных организаций, 93 – использования федерального имущества, 11 – закупочной деятельности и 3 – осуществления научной деятельности. 163 проверки были проведены в установленном порядке в соответствие со Сводным планом проведения проверок деятельности территориальных органов и организаций, подведомственных Агентству на 2016 года. Таким образом, выполнение годовых назначений плана составило 42,9%. Во внеплановом порядке в соответствии с поручениями руководителя ФАНО России была проверена 21 организация Агентства. 

В ходе проверок было выявлено 1 293 видов нарушений. Их стоимостная оценка составила 1 млрд 227 млн 366 тыс. рублей. Проверками выявлено 6 587 объектов федерального имущества, которые использовались с нарушениями действующего законодательства. Всего по итогам проверок, были уволены 2 руководителя организаций ФАНО России. Дисциплинарные взыскания были так же применены к 31 иному должностному лицу. 

По 9 организациям материалы проверок были направлены в государственные контролирующие и правоохранительные органы, в том числе в Генеральную прокуратуру России, ФАС России, ФСБ России и в Следственный комитет Российской Федерации.