Издательство организовано в декабре 1997 г. постановлением Президиума Сибирского отделения РАН на базе редакционно-издательского отдела и участка оперативной полиграфии Бурятского научного центра СО РАН. За годы работы издательство приобрело новое оборудование, внедрило применение современных компьютерных технологий печати и издательских программ.

Неоднократно по итогам ежегодного книжного салона Издательство БНЦ СО РАН признавалось одним из лучших издательств Бурятии, награждалось дипломами: «Лучшая книга года», «Лучшая книжная экспозиция», «Лучший художник года», «Лучшее редактирование книги» и денежными премиями Правительства РБ и Министерства культуры РБ, благодарственными письмами Народного Хурала РБ и администрацией Агинского Бурятского автономного округа.

За период с 2008 по 2017 г. издательством выпущено свыше 350 научных монографий, сборников, материалов конференций, научно-популярных и прочих изданий.

Среди них следует отметить такие издания: «История Бурятии» в 3-х томах, «Красная книга Республики Бурятия», «Антология бурятской поэзии» в 3-х томах, «История городского самоуправления. Верхнеудинск–Улан-Удэ», «Тамчинский дацан», серию «Герои Советского Союза» - «Генерал И.В. Балдынов», «Гвардии полковник В.Б. Борсоев». Также издательством были выпущены известные и популярные фотоальбомы: «Байкал-Далай», «Храмы Бурятии» и художественная литература: В. Гармаев «Хоры. Феномен Срединной Азии», «Джамуха», В. Антонов «Мечты, погребенные в атомном пепле», С. Тумуров «Держатель орхидеи–веревки из слез цивилизаций…» и др.

С 2009 г. издается научный журнал «Вестник Бурятского научного центра СО РАН», индексируемый в РИНЦ.

22 декабря состоится расширенное заседание Президиума (Ученого совета) БНЦ СО РАН, посвященное 20-летию Издательства БНЦ СО РАН.