В состав СНМ БНЦ СО РАН входят председатели Советов молодых ученых Института общей и экспериментальной биологии (ИОЭБ), Байкальского института природопользования (БИП), Института монголоведения, буддологии и тибетологии (ИМБИТ), Геологического института (ГИ) и Института физического материаловедения (ИФМ).  В соответствии с решением Совета научной молодежи БНЦ СО РАН от 14 февраля  2022 г. Председателем СНМ БНЦ СО РАН  избран Ярослав Витальевич Дикий.

СНМ БНЦ СО РАН ведет  работу на трех уровнях:

-на уровне республиканского сообщества молодых ученых в составе РОО «Совета молодых ученых Республики Бурятия»;

-на уровне БНЦ  СО РАН;

-на уровне институтов входящих в состав БНЦ СО РАН. 

Совет научной молодежи активно сотрудничает с подразделениями БНЦ СО РАН. Прежде всего, с Президиумом БНЦ СО РАН. Президиум БНЦ СО РАН выделяет средства на проведение молодежных мероприятий, предоставляет помещения, оборудование.

Постоянным и надежным партнером СНМ является Объединенный профсоюзный комитет БНЦ СО РАН, а также с профсоюзные комитеты институтов. Совет принимает участие в проведении культурно-массовых мероприятий, организуемых ПК, таких как «День победы», «Новый год». Кроме этого, Профсоюзный комитет оказывает финансовую поддержку СНМ при проведении мероприятий на уровне научного центра и при участии в республиканских мероприятиях.

Сотрудничает СНМ и с Музеем БНЦ СО РАН, проводя совместные мероприятия в области популяризации науки и  т.д.